Alfonso sinh ra và lớn lên tại Laredo, Texas trên biên giới Mỹ/Mexico. Anh nhận bằng BFA của mình từ NYU và bằng MFA từ AFI. Anh bắt đầu sự nghiệp làm trợ lý cá nhân cho Martin Scorsese, Nora Ephron, Robert De Niro và Alejandro Gonzalez Inarritu. Anh đã làm đạo diễn đoàn phụ cho bà Ephron, Inarritu, Scorsese, Kevin Macdonald, Ryan Murphy và Ben Affleck (trong bộ phim "Argo" đoạt Giải Oscar). Anh đã đạo diễn những tập phim danh tiếng của Glee và American Horror Story, cũng như nhiều quảng cáo quốc gia cho các thương hiệu như T-Mobile và Chevrolet (Super Bowl). Anh đã được đề cử giải Emmy cho Đạo diễn xuất sắc trong Miniseries cho "American Horror Story: Coven", cũng như cho Miniseries xuất sắc với tư cách là Đồng sản xuất của chương trình. Anh cũng đã đạo diễn tập mở đầu cho loạt phim "Red Band Society" của Fox được chọn để lên sóng. Anh vừa hoàn thành công việc của mình trên bộ phim thứ hai, Me & Earl & the Dying Girl của hãng Indian Paintbrush, giành cả Giải thưởng Ban giám khảo và Giải thưởng Khán giả trong cuộc thi Phim Mỹ Đặc biệt tại Liên hoan Phim Sundance 2015.
