Viết kịch bản cho phim The Wolverine (2013) mà Darren Aronofsky đã được chỉ đạo. Sau khi Aronofsky rời khỏi dự án, kịch bản của McQuarrie đã được viết lại nhiều và tên ông đã bị gỡ khỏi danh sách tác giả.
Ông được nhà làm phim Tom Cruise, người thường cộng tác, thuê để sửa đổi kịch bản cho bộ phim Mission: Impossible - Ghost Protocol (2011). Công việc của McQuarrie ban đầu được ghi nhận là 'viết bởi chung'. Điều này rõ ràng trong trailer đầu tiên của bộ phim. Tuy nhiên, Hội đồng Viết kịch bản của Mỹ đã loại bỏ tên của McQuarrie khỏi bất kỳ tín dụng viết nào vào thời điểm phim ra mắt vào ngày 16 tháng 12 năm 2011.
Tôi đã viết một lượng lớn đoạn hội thoại cho nhân vật Harold Longbaugh trong bộ phim hành động nổi tiếng The Way of the Gun (2000). Tuy nhiên, Benicio Del Toro đã đề xuất phương pháp "ít hơn là nhiều hơn" và yêu cầu ông cắt bớt các dòng hội thoại.
Đã giành giải Independent Spirit cho Kịch bản hay nhất trong The Usual Suspects (1995).
Đã thực hiện việc viết lại kịch bản cho bộ phim hành động khoa học viễn tưởng X-Men (2000) mà không được ghi tên. Anh ta quyết định không để tên mình trong phần công trình vì cảm thấy kịch bản chủ yếu là tác phẩm của David Hayter.
