Câu chuyện của Assassin’s Creed xoay quanh cuộc đối đầu định mệnh đã tồn tại suốt hàng trăm năm giữa hai kẻ thù truyền kiếp: Hội Hiệp sĩ Thánh chiến và Hội Sát thủ. Là tổ chức bí ẩn tập hợp những cá nhân ưu tú sở hữu quyền lực và địa vị cao trong xã hội, Hội Hiệp sĩ Thánh chiến mong muốn tạo ra thế giới lý tưởng không còn xung đột, bạo lực. Họ chủ trương thực hiện lý tưởng bằng sự cai trị tuyệt đối, sẵn sàng loại trừ bất cứ ai mang tư tưởng bất đồng, phản kháng. Xuyên suốt lịch sử tồn tại, Hội Hiệp sĩ Thánh chiến không ngừng tìm kiếm Quả táo Vườn Địa Đàng – thánh vật huyền thoại tương truyền là thứ chứa đựng hạt giống bất tuân của loài người. Họ tin rằng khi sở hữu trái cấm, bản thân có thể sử dụng quyền năng của nó để thao túng và thống trị toàn nhân loại. Trái ngược với Hội Hiệp sĩ Thánh chiến, Hội Sát thủ hoạt động với mục tiêu duy trì sự cân bằng của thế giới và tự do ý chí của loài người trước mưu đồ độc tài chuyên chế của Hội Hiệp sĩ. Chấp nhận ẩn mình trong bóng tố...